Im östlichen Bereich der Oberstadt von Thessaloniki liegt südlich der Olympiados-Straße die Profitis Ilias-Kirche, „Ναός Προφήτη Ἠλία“, die ebenfalls seit 1988 zum UNESCO-Welterbe gehört.
Ein stattlicher Bau der Palaiologenzeit, dessen genaue Zuschreibung immer noch Rätsel aufgibt und keineswegs gesichert ist. Hauptgrund hierfür ist, dass während der fast fünfhundertjährigen osmanischen Fremdherrschaft der Name in Vergessenheit geriet und auch kein gesichertes Quellenmaterial existiert. So wurde der Bau „dem Propheten Elias (…) erst in jüngerer Zeit geweiht, und zwar auf Grund einer fälschlichen etymologischen Erklärung ihres türkischen Namens als Moschee, Sarayli Camii, der Ähnlichkeit mit Ai-Liás hat, wie der Prophet Elias im Volksmund heißt“ (E. Kourkoutidou-Nikolaidou/A. Tourta). Also gibt es heute in der Forschung unterschiedliche Zuweisungen, die jedoch alle nicht gesichert sind. Zum einen vermuten einige Forscher in dem Bau die „Kirche des Néa Moní, des Neuen Klosters“, das um 1360/1370 von dem Mönch und Schriftsteller Makários Chúmnos aus einer alten thessalonischen Familie gegründet wurde. Es wuchs zu einer „der bedeutendsten monastischen Institutionen der Stadt in der zweiten Hälfte des 14. Jhs.“ heran und konnte sogar bedeutende Persönlichkeiten als Äbte verzeichnen. Zum anderen gibt es den Vorschlag eines griechischen Forschers, der in dem Bau ein Christus geweihtes Katholikon sieht und es „mit der Kirche des bedeutenden Thessaloniker Akapníu-Klosters“ identifizieren will, „das mit der Palaiologendynastie besonders eng verbunden war“. Wie dem auch sei, die Elias-Kirche stellt auf jeden Fall eine architektonische Besonderheit dar.
Wir können sie als „Dreikonchenanlage mit eingeschriebenen Kreuzarmen und vier Säulen als Kuppelstützen“ beschreiben. Bei ihr füllen „vier kleine, überkuppelte Eckräume die Zwickel der Konchen“, wobei die beiden östlichen die Funktion von Prothesis und Diakonikon übernehmen, die westlichen dagegen als Kapellen dienen. Wir müssen festhalten: „Die überkuppelte Dreikonchenanlage vom Athostyp und vier kleinen Kuppeln über den Eckräumen in den Zwickeln der Konchen ist in Thessaloniki einmalig.“ Ebenso beeindruckend und einmalig ist die große Kuppel mit einem Durchmesser von 5,50 m über der Vierung des Hauptraumes, an den sich im Westen ein beinahe quadratischer Narthex anfügt, „dessen Kreuzgewölbe von vier Säulen gestützt werden und dem eine offene Halle vorgelegt ist“. Das Außenmauerwerk besteht „aus Schichten gut behauener weißer Quadern und doppelten oder dreifachen Ziegelsteinlagen im Wechsel“ und gibt uns einen Hinweis auf die Hauptstadt des Reiches, weil dies in Konstantinopel häufiger vorkommt als in Thessaloniki. Durch umfangreiche Instandsetzungsarbeiten während der Erforschungs- und Rekonstruktionsjahre zwischen 1956 und 1961 wurden viele Teile dieses Kirchenbaus aufgerichtet und ergänzt, sodass die Kirche heute in diesem neuen Glanz erstrahlt. Unterstrichen wird das Ganze durch die erhaltenen Wandmalereien im Inneren. Sie werden ins 14. Jh. datiert, genauer in das Jahrzehnt 1360-1370, und beeindrucken „durch ihren Reichtum und die neue realistische Darstellungsweise einiger Szenen und Figuren“, ebenso durch ihre Farbgebung und durch die Einbettung der Figuren in ein entsprechend aufbereitetes Umfeld. Wir sehen Szenen aus dem Leben Jesu, einige Wunder des Herrn und verschiedene Heilige.
Einige Forscher vertreten sogar die Ansicht, dass die Malereien dieser Kirche in Thessaloniki Auswirkungen auf die Freskenmalerei in einigen Kirchen Serbiens hatten, die dort der sog. Morava-Schule angehören. Mit dem Begriff «Morava-Schule» bezeichnet die Forschung „die spätbyzantinische Stilrichtung im mittelalterlichen Serbien ab 1370, welche die Bauwerke im serbisch-byzantinischen Stil unter den Nemanjiden und deren Nachfolgern weiterführt“. Sie gilt als „eigenständigste Richtung der mittelalterlichen Kunst Serbiens“ und war im Norden des Landes von 1370 bis 1459 stilbildend. Es muss jedoch angemerkt werden, dass dieser Begriff kunsthistorisch nicht klar definiert ist und daher von einigen Fachvertretern abgelehnt wird.
